#  BLOSUM Clustered Target Frequencies=qij
#  Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
#  Cluster Percentage: >= 62

"""
BLOSUM62 probabilities *P(aa)* for each residue on the `UngappedAlphabet`.
SUM:  0.9987
"""
const BLOSUM62_Pi = ContingencyTable(Float64[ 0.0741,
    0.0516,
    0.0445,
    0.0536,
    0.0246,
    0.034,
    0.0543,
    0.0741,
    0.0262,
    0.0679,
    0.0988,
    0.0579,
    0.0249,
    0.0473,
    0.0387,
    0.0573,
    0.0507,
    0.0132,
    0.0321,
    0.0729 ], UngappedAlphabet())

"""
Table with conditional probabilities of residues based on BLOSUM62. The normalization is
done row based. The firts row contains the *P(aa|A)* and so one.
"""
const BLOSUM62_Pij = ContingencyTable(Float64[
#    A      R      N      D      C      Q      E      G      H      I      L      K      M      F      P      S      T      W      Y      V
0.2901 0.0310 0.0256 0.0297 0.0216 0.0256 0.0405 0.0783 0.0148 0.0432 0.0594 0.0445 0.0175 0.0216 0.0297 0.0850 0.0499 0.0054 0.0175 0.0688 ;
0.0446 0.3450 0.0388 0.0310 0.0078 0.0484 0.0523 0.0329 0.0233 0.0233 0.0465 0.1202 0.0155 0.0174 0.0194 0.0446 0.0349 0.0058 0.0174 0.0310 ;
0.0427 0.0449 0.3169 0.0831 0.0090 0.0337 0.0494 0.0652 0.0315 0.0225 0.0315 0.0539 0.0112 0.0180 0.0202 0.0697 0.0494 0.0045 0.0157 0.0270 ;
0.0410 0.0299 0.0690 0.3974 0.0075 0.0299 0.0914 0.0466 0.0187 0.0224 0.0280 0.0448 0.0093 0.0149 0.0224 0.0522 0.0354 0.0037 0.0112 0.0243 ;
0.0650 0.0163 0.0163 0.0163 0.4837 0.0122 0.0163 0.0325 0.0081 0.0447 0.0650 0.0203 0.0163 0.0203 0.0163 0.0407 0.0366 0.0041 0.0122 0.0569 ;
0.0559 0.0735 0.0441 0.0471 0.0088 0.2147 0.1029 0.0412 0.0294 0.0265 0.0471 0.0912 0.0206 0.0147 0.0235 0.0559 0.0412 0.0059 0.0206 0.0353 ;
0.0552 0.0497 0.0405 0.0902 0.0074 0.0645 0.2965 0.0350 0.0258 0.0221 0.0368 0.0755 0.0129 0.0166 0.0258 0.0552 0.0368 0.0055 0.0166 0.0313 ;
0.0783 0.0229 0.0391 0.0337 0.0108 0.0189 0.0256 0.5101 0.0135 0.0189 0.0283 0.0337 0.0094 0.0162 0.0189 0.0513 0.0297 0.0054 0.0108 0.0243 ;
0.0420 0.0458 0.0534 0.0382 0.0076 0.0382 0.0534 0.0382 0.3550 0.0229 0.0382 0.0458 0.0153 0.0305 0.0191 0.0420 0.0267 0.0076 0.0573 0.0229 ;
0.0471 0.0177 0.0147 0.0177 0.0162 0.0133 0.0177 0.0206 0.0088 0.2710 0.1679 0.0236 0.0368 0.0442 0.0147 0.0250 0.0398 0.0059 0.0206 0.1767 ;
0.0445 0.0243 0.0142 0.0152 0.0162 0.0162 0.0202 0.0213 0.0101 0.1154 0.3755 0.0253 0.0496 0.0547 0.0142 0.0243 0.0334 0.0071 0.0223 0.0962 ;
0.0570 0.1071 0.0415 0.0415 0.0086 0.0535 0.0708 0.0432 0.0207 0.0276 0.0432 0.2781 0.0155 0.0155 0.0276 0.0535 0.0397 0.0052 0.0173 0.0328 ;
0.0522 0.0321 0.0201 0.0201 0.0161 0.0281 0.0281 0.0281 0.0161 0.1004 0.1968 0.0361 0.1606 0.0482 0.0161 0.0361 0.0402 0.0080 0.0241 0.0924 ;
0.0338 0.0190 0.0169 0.0169 0.0106 0.0106 0.0190 0.0254 0.0169 0.0634 0.1142 0.0190 0.0254 0.3869 0.0106 0.0254 0.0254 0.0169 0.0888 0.0550 ;
0.0568 0.0258 0.0233 0.0310 0.0103 0.0207 0.0362 0.0362 0.0129 0.0258 0.0362 0.0413 0.0103 0.0129 0.4935 0.0439 0.0362 0.0026 0.0129 0.0310 ;
0.1099 0.0401 0.0541 0.0489 0.0175 0.0332 0.0524 0.0663 0.0192 0.0297 0.0419 0.0541 0.0157 0.0209 0.0297 0.2199 0.0820 0.0052 0.0175 0.0419 ;
0.0730 0.0355 0.0434 0.0375 0.0178 0.0276 0.0394 0.0434 0.0138 0.0533 0.0651 0.0454 0.0197 0.0237 0.0276 0.0927 0.2465 0.0059 0.0178 0.0710 ;
0.0303 0.0227 0.0152 0.0152 0.0076 0.0152 0.0227 0.0303 0.0152 0.0303 0.0530 0.0227 0.0152 0.0606 0.0076 0.0227 0.0227 0.4924 0.0682 0.0303 ;
0.0405 0.0280 0.0218 0.0187 0.0093 0.0218 0.0280 0.0249 0.0467 0.0436 0.0685 0.0312 0.0187 0.1308 0.0156 0.0312 0.0280 0.0280 0.3178 0.0467 ;
0.0700 0.0219 0.0165 0.0178 0.0192 0.0165 0.0233 0.0247 0.0082 0.1646 0.1303 0.0261 0.0316 0.0357 0.0165 0.0329 0.0494 0.0055 0.0206 0.2689 ],
UngappedAlphabet())
