Ühinemisvabadus mitte ainult ei keela riigil sekkuda ühingute tegevusse, vaid ka paneb talle kohustuse luua õiguslikud alused ühinemiseks. “Ühinemisvabaduse kasutamine PS tähenduses eeldab mittetulundusühingute erinevaid õiguslikke vorme vastavalt koonduvate isikute õiguslikule staatusele, koondumise eesmärkidele ning huvidele. Paragrahvis 48 lg 1 nimetatud “õigus koonduda” tähendab ka õigust asutada mittetulundusühinguid ja nende liite. Ühinemisõigus tähendab ka õigust koonduda asjakohasel õiguslikul alusel nii juriidilise isiku kui ka mittejuriidilise isiku staatusega ühingutesse.” (RKPJKo 10.05.1996, 3-4-1-1-96.) Nõnda tuleb seadusega luua võimalus moodustada nii õigusvõimelisi ühinguid kui ka registreerimata seltsinguid, samuti ette näha mittetulundusühingute vormid, mis vastavad koondumise eesmärgile. Eestis on võimalik asutada näiteks ametiühinguid, loomeliite, erakondi, korteriühistuid, hooneühistuid, maaparandusühistuid ja paljusid teisi mittetulundusühinguid, mille tegutsemist reguleerivad eriseadused. Samuti nõuab ühinemisvabadus, et seadusega antaks ühingule õigus otsustada põhikirjaga oma korralduse üle.
Lisaks kaitseb ühinemisvabadus ühingute õigust olla registreeritud, kui need vastavad seaduses sätestatud nõuetele (Moscow Branch of the Salvation Army vs.Venemaa, 72881/01, p 59). See aga ei tähenda, et ühinguid võiks kohustada end registreerima (Zhechev vs.Bulgaaria, 57045/00, p 56).
Eesti kohtupraktikas on usulise ühendusena jäetud registreerimata satanistlik kogudus tuginedes KiKoS § 14 lg 2 p-le 2 ja viidates, et see võib kahjustada avalikku korda ja kõlblust (Tartu Ringkonnakohtu kohtumäärus 25.11.2013, 2-13-24298/10). PS §-s 40 sätestatud usuvabaduse seos ühinemisvabadusega on vaieldav. Vähemalt osaliselt on usuvabadus ühinemisvabaduse suhtes erisätteks, sest kaitseb õigust kuuluda kirikutesse ja usuühingutesse. Teisalt on PS § 48 kaitse usuvabaduse kaitsealast laiem, sest võimaldab ühinguid lõpetada üksnes kohtul. Samuti seab PS § 48 piiranguid, mis ilmselt laienevad ka usuühingutele – nii on ka relvi valdavate, sõjaväeliselt korraldatud või sõjaväelisi harjutusi harrastavate usuühingute loomiseks vajalik eelnev luba.