Läbivateks probleemideks on koostööprobleemid ja rahapuudus
Audit leidis puudujääke nelja projekti puhul – Eesti teadusinfosüsteem (ETIS2), infosüsteem kohtutäituritele täitemenetluse läbiviimiseks (e-Täitur), sotsiaalkaitse infosüsteemi teine versioon (SKAIS2), politsei- ja piirivalveameti isikutuvastuse- ja menetluse infosüsteem (UUSIS).
Levinumate riskidena on toodud välja eesmärkide valesti või ebapiisavalt sõnastamist, arenduse sisulise poolega tegelevad inimesed ei tea täpselt, mida soovitakse, sisulise poolega tegelevate inimeste soove ei osata täpselt kirjeldada, tarkvaraarenduse projekti käigus muudetakse õigusakte ja seetõttu tuleb juba planeeritud arenduses, käimasolevas arenduses või valminud infosüsteemis teha muudatusi.
Kuid audit toob välja veel sedagi, et projektijuhtide teadmised on puudulikud, tarkvaraarendajad on väheste kogemustega või lausa ebakompetentsed ning toimiva projektiplaani puudumist või selle eiramist.
SKAIS2 puhul oli koostöö puudulik, juhtimine nõrk ja vajadusi ei tehtud piisavalt täpselt kindlaks
Kõmulise SKAIS2 arenduse osas, millest on meedia korduvalt kirjutanud, kaotas riik 2014-2017 aastal 5 miljonit eurot ilma, et oleks valminud soovitud uuendus süsteemi, millega hallatakse riiklike toetuste, pensionide, hüvitiste ning elatisabi pakkumist, määramist ja maksmist.
Peamise probleemina toob riigikontroll välja seda, et SKAIS2 projekti algatas sotsiaalministeerium ilma, et ministeeriumil eksisteeriks tarkvaraarenduse kord. Sotsiaalkindlustusameti kommunikatsioonijuhi Kaili Uusmaa sõnul saab nõustuda auditi väitega, et SKAIS2 arenduse osas oli koostööprobleeme, rollid olid segased, suhtlus oli puudulik ja juhtimine oli nõrk.